Mac OS X incorpora un subsistema basado en un sistema operativo de estilo UNIX que usa permisos en el sistema de ficheros. Cada fichero y carpeta en su disco duro tiene asociados un conjunto de permisos que determinan quien puede leer, escribir o ejecutarlo.
Muchas cosas que usted instala en Mac OS X lo son desde unos ficheros paquete (.pkg ). Cada vez que algo se instala desde un fichero paquete, un fichero (.bom) se almacena en una carpeta del Sistema o en un fichero de recibidos (.pkg). Cada uno de estos ficheros .bom contiene una lista de los ficheros instalados por el paquete, y los permisos adecuados para cada fichero.
Cuando usted usa OnyX para verificar y reparar los permisos de disco, este revisa cada uno de los ficheros .bom y compara esta lista con los permisos actuales de cada uno de los ficheros listados. Si los permisos difieren, OnyX corrige la diferiencia. Si usted elimina los recibidos o los ficheros .bom de /Library/Receipts/, los ficheros instalados por los paquetes no podrán ser verificados ni reparados, razón por la que no debería borrar nada de /Library/Receipts/.
OnyX repara los permisos de estos ficheros pero no repara los permisos de sus documentos, de su carpeta inicio...