Mac OS X incorpora un subsistema basat en un sistema operatiu d'estil UNIX que fa servir permisos en el sistema de fitxers. Cada fitxer i carpeta al disc dur té associats un conjunt de permisos que determinen qui pot llegir, escriure o executar.
Moltes coses que vostè instal·la en Mac OS X ho són des d'uns fitxers paquet (.pkg). Cada vegada que alguna cosa s'instal·la des d'un fitxer paquet, un fitxer (.bom) s'emmagatzema en una carpeta del sistema o en un fitxer de rebuts (.pkg). Cadascun d'aquests fitxers .bom conté una llista dels fitxers instal·lats pel paquet, i els permisos adequats per a cada fitxer.
Quan utilitzeu OnyX per a verificar i reparar els permisos de disc, aquest revisa cada un dels fitxers .bom i compara aquesta llista amb els permisos actuals de cadascun dels fitxers llistats. Si els permisos difereixen, OnyX corregeix la diferència. Si elimina els rebuts o els fitxers .bom de /Library/Receipts/, els fitxers instal·lats pels paquets no podran ser verificats ni reparats, raó per la qual no hauria d'esborrar res de /Library/Receipts/.
OnyX repara els permisos d'aquests fitxers però no repara els permisos dels seus documents, de la seva carpeta inici.